El seu conjunt és d’una gran complexitat, a causa de les nombroses modificacions patides des de la seua fundació. A la lògica dinàmica de les reformes realitzades en un monestir al llarg de diverses centúries, han d’unir-se les transformacions subsegüents a la desamortització de 1836 per tal de canviar la seua funcionalitat i adaptar-lo com a Museu –per a albergar les obres d’art dels convents suprimits-, Academia de Sant Carles, a partir de 1848, i Escola de Belles Arts i, també, Escola d’Arts i Oficis Artístics fins al 1986.